O secretário executivo é o representante legal da Fundação e a ele compete a administração da rotina da entidade dentro de seus limites de competência regidos por seu Estatuto. É sempre eleito pelo Conselho de Administração, que é o órgão de deliberação e orientação estratégica da FAPEMS, formado por pessoas que já fizeram ou fazem parte da comunidade universitária, e sempre presidido pelo reitor da UEMS, atualmente o Prof. Dr. Gilberto José de Arruda.

A eleição e posse do Secretário Executivo da FAPEMS ocorreram no dia 10 de novembro de 2007, sendo indicado para o segundo mandato o prof. José Roberto da Silva Lunas, eleito unanimamente pelos representantes do Conselho de Administração para exercer a função por tempo indeterminado. Em seu primeiro mandato o Prof. José Roberto atou na Fundação por cinco anos, de 1997 a 2002.

O atual Secretário Executivo é professor da UEMS desde 1994, graduado em Administração, mestre e doutor em Desenvolvimento Sustentável pela Universidade de Brasília - UNB. Atualmente leciona no curso de Turismo de Dourados e na especialização em Planejamento e Gestão Ambientl com ênfase em Avaliação Ambiental Estratégica.